在《问鼎三国》的世界里，副本系统是玩家升级成长的重要环节。游戏精心设计了两大副本类型：基础副本与专属副本。基础副本由武将亲兵试炼和武将挑战组成，玩家必须先行通关亲兵试炼才能解锁对应的武将挑战。专属副本则分为设计图秘境和物资战场两类，设计图秘境会在主公达到特定等级时开放，物资战场则需要玩家在完成章节内指定亲兵试炼后激活。
成功挑战基础副本将为主公提供丰厚的经验值奖励，物资战场产出各类战略资源，而设计图秘境则是获取珍贵图纸的主要来源。值得注意的是，每次成功闯关需消耗10点体力值，若挑战失败则仅扣除2点体力。VIP等级达到2级以上的玩家，可享受跳过战斗动画的便利特权。
副本挑战不消耗任何额外资源。开启三星评级的关键在于战局胜利时，需保证队伍剩余兵力总量高于60%。当玩家顺利通关某个武将挑战后，即可解锁该副本的扫荡功能，每次扫荡相当于连续完成5次副本挑战，大幅提升资源获取效率。
